Lại có người nói gièm rằng việc Tiểu-triều làm phản là tại quan trấn thủ Lê Trung. Vua Cảnh-thịnh triệu Lê Trung về Phú-xuân, sai võ-sĩ bắt chém đi. Được ít lâu quan thiếu-phó Nguyễn văn Huấn cũng bị giết. Từ đó tướng-sĩ Tây-sơn ai cũng nản lòng, có nhiều người bỏ theo về Nguyễn-vương.
Bấy giờ có người con rể Lê Trung là Lê Chất 黎 質 vốn là người đánh trận giỏi có tiếng, quan làm đến chức đại-đô-đốc; đến khi thấy vua Tây-sơn hay nghi-kỵ mà giết hại các công-thần như vậy, bèn bỏ trốn sang hàng nhà Nguyễn. Nguyễn-vương trọng dụng cho làm chức tướng-quân.
Nguyễn-vương thấy thế Tây-sơn đã suy-nhược, đến tháng ba năm kỷ-vị (1799) bèn cử đại binh ra đánh Qui-nhơn. Đến tháng tư thủy-quân của Nguyễn-vương vào cửa Thị-nại, rồi Nguyễn-vương sai quan hậu-quân Võ Tính, hữu-quân Nguyễn huỳnh Đức đem quân lên bộ đóng ở Trúc-khê 竹 溪. Ngay lúc bấy giờ quan Khâm-sai tiền-quân chưởng-cơ Nguyễn văn Thành đem bộ binh ra đánh lấy Phú-yên, rồi tiến quân lên tiếp ứng cho toán quân Võ-Tính.
Đến tháng năm, thì quân của Nguyễn-vương đến vây thành Qui-nhơn. Ở Phú-xuân sai Trần quang Diệu và Vũ văn Dũng đem binh vào cứu. Nhưng mà vào đến Quảng-nghĩa gặp quân của Nguyễn văn Thành giữ ở Thạch-tân 石 津, cho nên không cứu được Qui-nhơn.
Sử chép rằng khi đạo quân của Vũ văn Dũng vào đến Chung-xá 終 舍, đóng lại ở đấy, đến đêm có con nai ở trong rừng chạy ra, có người trông thấy kêu to lên rằng: Con nai ! Quân Tây-sơn nghe lầm là quân Đồng-nai! Mọi người luống cuống bỏ chạy. Các quân đội Tây-sơn tưởng là quân nhà Nguyễn đã đến vây đánh, đều vỡ tan cả. Quân nhà Nguyễn thừa thế đánh đuổi, thành ra quân Tây-sơn thua to.
Quan trấn-thủ Qui-nhơn là Lê văn Thanh 黎 文 清 không thấy viện binh đến, mà lương-thực ở trong thành thì hết cả, bèn cùng các tướng mở cửa ra hàng. Nguyễn-vương đem quân vào thành rồi đổi tên Qui-nhơn gọi là Bình-định.
